TMT

TMT为蛋白组定量常用试剂,其构成基团由报告基团(reporter group),质量平衡基团(balance reporter),多肽反应基团(peptide reactive group)。所有的标记基团都具有相同的相对分子质量145,且这些基团能够和多肽在液相过程中共同洗脱下来并进入串联质谱进行碎裂。不同样本的混合物被带上不同的TMT标签,这些标签通过连接在肽段的N端。随着肽段一并进入串联质谱中进行碎裂释放质谱报告基团(reporter group),然后根据这些报告基团的信号强度确定样本蛋白的相对丰度。

iTRAQ检测流程图

数据分析

  • 统计分析
全局统计分析 所有鉴定到蛋白表达量的分布范围,每条曲线表示一个样本,分布是经过正态分布拟合处理后的,图中纵坐标为频数,横坐标为表达量log10后的数值。
箱式图 箱式图又称盒须图、盒式图或者箱线图,是一种表现有关数据的位置和分散情况资料的统计图。箱型图主要包含六个数据节点,可粗略表达出数据是否有对称性,分散程度等信息。
PCA分析 主城成分分析(PCA分析)是数理统计中的一种降维分析方法,将一组数据的主要矛盾提取出来,提取出的核心要素成为“成分”(component),并以百分比排序。排名靠前的主成分可以反应复杂的数据中的关键信息。
火山图 火山图(Volcano Plot)在一张图中显示了两个重要指标(Fold change/p-Value),可以非常直观且合理地筛选出在样本之间发生差异表达的基因。
  • 功能注释分析
GO注释 基因的本体论(Gene Ontology)是建立一套特定的词汇集合来描述生物学功能,以此对基因功能注释统一化。用于描述生物学功能的词汇必然反映生物学功能的本质。
KEGG分析 京都基因与基因组百科全书(KEGG)是基因组破译方面的数据库,整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。
  • 蛋白聚类与互作分析
聚类热图 聚类热图(heatmap)是通过排列矩阵的行列,将相似的数值放在一起展示聚类分析结果的图像,以直观的呈现多样本多个基因的全局表达量变化,呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。
蛋白互作图 蛋白互作图(PPI)预测蛋白之间的相互作用的示意图,每一个圆形表示蛋白质,球之间的线条表示蛋白之间的相互关系,蛋白作为细胞功能执行者,不是凭借单个蛋白独立执行,而是依靠蛋白之间相互作用执行功能。

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